Seluruh artikel yang terbit di JAT telah menjalani proses seleksi awal oleh Ketua Penyunting (editor in chief) serta open peer-review oleh Mitra Bestari secara mandatori. Selain itu, kami juga mendorong penulis untuk mengunggah artikel pra peer review nya di preprint server non-komersial INArxiv dan mensosialisasikannya untuk mendapatkan komentar publik. Komentar publik dapat pula disampaikan melalui PRE-Review Authorea Group Page.

Kami bekerjasama dengan platform penulisan Authorea dan Overleaf, serta platform anotasi dan komentator (annotation and commenting) Hypothes.is. Penulis dapat menyertakan berbagai komentar publik tersebut sebagai material pendukung (supplementary material) untuk melengkapi proses peer review. Keputusan diterima atau tidaknya suatu naskah artikel dibuat oleh Ketua Penyunting berdasarkan atas rekomendasi atau komentar-komentar dari Mitra Bestari. 

Yang unik dari jurnal ini adalah, bahwa penulis dapat memilih untuk menayangkan artikel pra-peer reviewnya via INArxiv Authorea Group Page sebagai artikel versi 1. Selanjutkan saat artikel telah selesai menjalani peer review dan dinyatakan diterima, penulis dapat menayangkannya kembali sebagai artikel versi 2.